J`ai vu des tutoriels sur la conversion d`un ensemble de fichiers DICOM à un modèle STL 3D. Beaucoup recommandent d`utiliser 3D Slicer. 3D Slicer prend dans les fichiers DICOM mais retourne un fichier NRRD au lieu d`un STL. Ma question est exactement ce que fait Slicer 3D faire à mes DICOMs et ce qui fait exactement un fichier NRRD contenir? Est-NRRD un modèle 3D ou est-il encore 2D? Et le fichier NRRD contient-il des DICOMs segmentés ou des DICOMs non segmentés? Aidez-moi. Système d`exploitation: Windows 10 version Slicer: le dernier comportement attendu: créer un modèle 3D à partir d`images DICOM… qui ont été créés en convertissant jpg en DICOM comportement réel: chaque image DICOM a été importé comme si c`était son propre patient. Ainsi, 26 nouveaux patients avec une série de 1 image DICOM par opposition à 1 patient avec une série de 26 images DICOM. J`ai besoin de plus tard pour faire une image 3 d. Probablement le volume va sembler plat, comme par défaut l`espacement de tranche est le même le long de tous les axes. Pour corriger cela, accédez au module volumes, ouvrez la section informations sur le volume et définissez la troisième valeur de l`espacement des images sur la valeur la plus élevée (la valeur doit être la même que l`espace entre vos tranches d`image, en mm).

Pour les cotes correctes dans la tranche, définissez les deux premières valeurs de l`espacement de l`image sur la taille d`un pixel (en mm). Probablement mieux d`essayer de charger les fichiers jpg directement: J`ai aussi remarqué que les tranches semblent être mal alignées les uns avec les autres (il y a la traduction et la rotation entre les tranches voisines). Vous devez enregistrer des tranches spatialement entre elles avant de pouvoir les afficher sous forme de volume 3D. Je pense que Fidji a ces outils d`enregistrement et il peut également enregistrer la pile d`images comme un fichier. Mha que Slicer peut charger directement. D`accord. J`ai donc suivi le processus et le JPGS semblait charger dans quelque chose, mais je ne peux pas les trouver après qu`ils sont importés et le volume n`a pas un nom et je ne peux pas modifier l`un des paramètres, ils sont grisé. Si vous avez besoin de créer des volumes à partir de tranches régulièrement, alors vous devez trouver un workflow de traitement. L`enregistrement de tranche peut être un point critique du workflow, car il peut être difficile de trouver des points correspondants entre les tranches et votre échantillon peut également se déformer pendant qu`il est tranché. Pour l`instant probablement votre meilleur pari est soit de trouver un protocole de découpage et d`imagerie qui fournit des tranches alignées; ou les aligner rétrospectivement aux Fidji.

Plus tard, si vous avez besoin d`un workflow hautement optimisé, alors probablement vous voudriez avoir un enregistrement de pile de tranche disponible dans Slicer, de sorte que vous puissiez tout faire dans un logiciel. Beaucoup dépend de l`outil que vous utilisez pour convertir jpg en DICOM. La bonne réponse pour l`espacement des pixels dépend de la façon dont les images ont été acquises et que les informations ne sont probablement pas enregistrées dans les fichiers jpg. Parfois, les gens incluent une règle dans la photo pour référence et font une note de l`espacement des coupes de tranche.